La orden de los Betlemitas fue fundada por Pedro de San José de Betancur o más conocido como el hermano Pedro o Santo Hermano Pedro, religioso terciario franciscano y misionero español nacido en España Tenerife Islas Canarias.
Beatificado en 1980 en la Basílica de San Pedro del Vaticano y canonizado en la ciudad de Guatemala por el papa Juan Pablo II en el 2002, primer santo nativo de las Canarias, considerado como el primer santo de Guatemala y de Centroamérica, dada su labor misionera y pastoral fue conocido como en "San Francisco de Asís de las Américas", además es considerado el evangelizador de Guatemala.
La Orden de los Hermanos de Nuestra Señorea de Bethlehem fue fundada en 1656.
El año de 1687 tras un terremoto ocurrido en Lima el primer convento de los Bethlemitas fue destruido, por lo que una delegación formada por los hermanos Miguel y Anotnio de la Concepción llegaron a Cusco en 1690 para recaudar fondos. En la ciudad del Cusco fueron muy bien recibidos y alojados en el convento de Santo Domingo.
El Obispo de Mollinedo y Angulo vio por conveniente sugerir a los religiosos la fundación de un hospital regentado por los Bethlemitas, es así que se fundo el convento y Hospital de los Bethlemitas del Cusco, los religiosos fueron posicionados en el santuario ya existente de la Almudena.
A la llegada de los padres Bethlemitas al Cusco el templo de la Almudena ya se encontraba edificado.
Cabe destacar que en la época colonial los hospitales de aquel entonces contaban con capillas o templos, tal era el caso de otros hospitales como el Hospital de Naturales, el Hospital de San Andrés y el Hospital de San Juan de Dios.
